Een labelprinter werkt in de basis hetzelfde als een TTO printer, met het verschil dat er nu eerst op een label wordt geprint en niet direct op het product. In een labelprinter zit dan ook een thermische printkop die pixel voor pixel hitte afgeeft terwijl het label eronder langs getransporteerd wordt. Via de volgorde waarin de pixels verhit worden komt de afdruk tot stand. Omdat de printkop digitaal aangestuurd wordt, is ook hier weer een variabele afdruk per print mogelijk.
Labelprinters worden op 2 manieren ingezet: standalone en inline. Bij standalone wordt het label handmatig uit de printer gehaald en aangebracht op de verpakking. Bij inline gebruik spreken we van print & apply. In dit geval staat de printer aan de lijn gemonteerd en wordt het label door een applicator automatisch vanuit de printer op het product geplakt. Dit kan een mechanische arm zijn, maar ook geblazen met lucht. Indien tijdelijk houdbare etiketten voldoen kan er gekozen worden worden thermo-etiketten. Deze kleuren zelf met de hitte van de printkop, maar verkleuren over tijd. Als een etiket over een langere periode leesbaar moet blijven dan kan het etiket net als bij TTO met inkt worden bedrukt.
Labelprinters worden het meest ingezet in het secundaire en tertiaire segment van het verpakkingsproces om met name dozen en pallet (SSCC)labels te printen. Daarnaast kunnen labels in worden gezet op plekken waar het niet mogelijk is om direct op de verpakking te printen. Dit kan zijn omdat er bijvoorbeeld niet genoeg contrast is tussen de ondergrond en de inkt om een goed leesbare afdruk te creëren. Ook kan de manier waarop de lijn is opgebouwd, of de ongeschiktheid van het substraat het gebruik van etiketten noodzakelijk maken.