Während der Sekundärphase des Verpackungsprozesses wird eine Charge von Produkten codiert. Diese Chargen enthalten die individuell codierten Produkte der primären Phase. In den meisten Situationen werden Kartons gekennzeichnet, auf die ein Barcode und eine Inhaltsangabe gedruckt wird.
Für einen variablen Druck kann das Hi-Res Inkjet-System verwendet werden. Falls der Druck nur selten geändert wird, ist der Rollcoder die kostengünstigere Variante.